我们可以通过weights参数R
“先验权重”glm
回归。例如:
glm.D93 <- glm(counts ~ outcome + treatment, family = poisson(), weights=w)
这如何在 a JAGS
orBUGS
模型中完成?
我找到了一些讨论这个问题的论文,但没有一个提供例子。我主要对泊松和逻辑回归示例感兴趣。
我们可以通过weights参数R
“先验权重”glm
回归。例如:
glm.D93 <- glm(counts ~ outcome + treatment, family = poisson(), weights=w)
这如何在 a JAGS
orBUGS
模型中完成?
我找到了一些讨论这个问题的论文,但没有一个提供例子。我主要对泊松和逻辑回归示例感兴趣。
可能会迟到……但是,
请注意两点:
在 Jags、Bugs、Stan、proc MCMC 或一般的贝叶斯中,可能性与常客 lm 或 glm(或任何模型)没有什么不同,它是一样的!只需为您的响应创建一个新列“权重”,并将可能性写为
y[i] ~ dnorm(mu[i], tau / weight[i])
或加权泊松:
y[i] ~ dpois(lambda[i] * weight[i])
这个 Bugs/Jags 代码很简单。你会得到一切正确的。不要忘记继续将 tau 的后验乘以权重,例如在进行预测和置信/预测区间时。
首先,值得指出的是glm
不执行贝叶斯回归。“权重”参数基本上是“观察比例”的简写,可以用适当地对数据集进行上采样来代替。例如:
x=1:10
y=jitter(10*x)
w=sample(x,10)
augmented.x=NULL
augmented.y=NULL
for(i in 1:length(x)){
augmented.x=c(augmented.x, rep(x[i],w[i]))
augmented.y=c(augmented.y, rep(y[i],w[i]))
}
# These are both basically the same thing
m.1=lm(y~x, weights=w)
m.2=lm(augmented.y~augmented.x)
因此,要为 JAGS 或 BUGS 中的点添加权重,您可以以与上述类似的方式扩充您的数据集。
尝试在上面添加评论,但我的代表太低了。
应该
y[i] ~ dnorm(mu[i], tau / weight[i])
不是
y[i] ~ dnorm(mu[i], tau * weight[i])
在JAGS?我正在运行一些测试,将 JAGS 中这种方法的结果与通过 lm() 加权回归的结果进行比较,并且只能使用后者找到一致性。这是一个简单的例子:
aggregated <-
data.frame(x=1:5) %>%
mutate( y = round(2 * x + 2 + rnorm(length(x)) ),
freq = as.numeric(table(sample(1:5, 100,
replace=TRUE, prob=c(.3, .4, .5, .4, .3)))))
x <- aggregated$x
y <- aggregated$y
weight <- aggregated$freq
N <- length(y)
# via lm()
lm(y ~ x, data = aggregated, weight = freq)
并比较
lin_wt_mod <- function() {
for (i in 1:N) {
y[i] ~ dnorm(mu[i], tau*weight[i])
mu[i] <- beta[1] + beta[2] * x[i]
}
for(j in 1:2){
beta[j] ~ dnorm(0,0.0001)
}
tau ~ dgamma(0.001, 0.001)
sigma <- 1/sqrt(tau)
}
dat <- list("N","x","y","weight")
params <- c("beta","tau","sigma")
library(R2jags)
fit_wt_lm1 <- jags.parallel(data = dat, parameters.to.save = params,
model.file = lin_wt_mod, n.iter = 3000, n.burnin = 1000)
fit_wt_lm1$BUGSoutput$summary