基于以下评论的新答案：

据我了解，方法 1 是在同一个文档中混合 R 代码和 HTML 或 LaTeX，例如使用 Sweave 或 brew 创建最终文档，而方法 2 是使用 R 代码生成 HTML 或 LaTeX，使用 R2HTML或 Hmisc 包，例如，然后运行 ​​R 代码来创建最终文档。我大多只是使用方法 1，但无论如何都会权衡。

在我看来，这实际上只是一个偏好问题。我看不出有任何技术或统计理由偏爱其中一个。它们都是使您的研究具有可重复性的方法。

我认为方法 1 更简单，因为您不必知道创建 LaTeX 或 HTML 代码的 R 函数是什么；您只需编写 R 代码，然后编写 HTML 或 LaTeX 代码，软件会负责将它们组合在一起。当 R 输出仅是最终文档的一小部分时尤其如此；例如，编写输出大量文本所需的 R 代码会很痛苦。在智能文本编辑器中，您还可以获得使用 R2HTML 或 Hmisc 时无法获得的每种代码的正确语法格式。在我看来，这种方法还可以更清晰地将结果与评论区分开来。

但是，对于简短的片段或只是从没有注释的命令中输出结果，使用 R2HTML 或 Hmisc 可能更容易，不过（根据我的经验），一旦你养成了 Sweaving 的习惯，你将永远不会回头。

这些只是几点。

• 如果你只想写简单的报告，那么你需要学习的 LaTeX 命令集比你想做复杂的事情要少得多。
• 与一些简单的标记系统相比，LaTeX 的一个吸引人的方面是，如果您想要引用、自动编号、多页表、有吸引力的类型设置等功能，这些功能都是可用的。特别是，有些功能最初我什至没有想到，但当我需要它们时，它们已经在 LaTeX 中作为一个包提供。
• 如果您希望最终报告采用不同的格式，例如 HTML 或 rtf，那么您可以使用各种转换程序（如 pandoc）将乳胶转换为该格式。

关于 LaTeX 或 Sweave/odfWeave/asciiWeave 范式中的其他标记的另一件好事是，对于重复报告，您可以将其模板化一次，然后重复使用该模板。以 Harrell 的 rreport 包为例

您使用其中任何一个都非常安全 - 尽管我承认我根本不使用任何一个。我怀疑 LaTeX/Sweave 方法流行的主要原因是使用 LaTeX 作为主要论文/演示文稿/手稿格式的字段数量，这些格式鼓励使用基于 LaTeX 的系统。我不知道 .html 最终产品在哪个领域直接有用。