Steffen 对上述问题的评论和链接非常有用。

我会说这取决于。我将假设您至少使用 LaTeX（用于数学排版），并且可能使用 R（因为它是免费的，而且很棒）。

在那种情况下，特别是考虑到您提到了 org-mode，我建议使用 Emacs 来组织您的统计分析。

优点如下：统一你的统计分析（Emacs Speaks Statistics），你的论文写作（LaTeX）——Emacs sweave 支持也是我找到的最好的。您还可以使用 Ebib 来管理引用，这非常好。Emacs 是如此可定制，以至于您需要做的任何事情都可以在其中完成。但是，它的学习曲线相当陡峭，您可能需要忘记一些在其他地方常见的处理程序的捷径和方法。

Emacs 还集成了版本控制。我无法谈论他们的质量，因为我没有使用它。

在引用管理上，我个人不喜欢 Zotero，使用 JabRef。JabRef 非常适合 GUI 及其简单性，并且可以在您充分了解 Emacs 以提高工作效率时为您提供支持。如果您喜欢那种东西，它也会在您为开放式办公室编写插件时引用。

HTH。