我正在对两个全基因组关联研究 (GWAS) 进行荟萃分析,每个研究由 150 个 SNP 组成,为此我计算了关联的汇总统计数据。我正在使用 R 包meta和 function metagen。在我看来,这个功能能够结合研究,但单一测量效果(我有 150 个),每个研究一个。
例如,我在每项研究中可能有 3 个 SNP
STUDY SNP OR SE
GWAS_A rs694739 0.6691 0.07588
GWAS_A rs9858968 0.1091 0.01588
GWAS_A rs1529267 0.9291 0.02588
GWAS_B rs694739 0.6128 0.37344
GWAS_B rs9858968 0.0332 0.27344
GWAS_B rs1529267 0.3481 0.81284
所以我想要一个表格格式的输出(例如,在PLINK中),有 3 行和相应的池统计信息。我知道我可以通过循环或与摘要输出上for的函数分组来管理它,但我想知道是否还有另一个 R 包/函数可以轻松完成此任务。bymetagen