正如@tmr232 所说，您可以使用Diphora，它会自动为您执行此操作。否则，如果您更喜欢命令行工具（顺便说一句，它不需要 IDA），您可以使用Pyew和gcluster.py脚本。

如果您更喜欢自己编写一些东西，请记住比较 2 个二进制文件不是一项微不足道的任务。也就是说，我将解释 gcluster.py 和 Diaphora 中 2 个二进制文件的调用图的比较是如何工作的：

1. 首先，将二进制文件加载到工具中并分析代码。该工具可以是 Pyew (gcluster) 或 IDA (Diaphora)。
2. 代码分析步骤收集与函数、调用图和流程图（每个函数的基本块及其关系以及函数的关系）相关的信息。
3. 使用这些信息，我计算了每个具有 1 个以上基本块的函数的圈复杂度。
4. 使用哥德尔编号，我为每个圈复杂度分配了一个质数（就是这样，对于每个函数）。
5. 然后，将所有这些质数对应于所有函数，我将它们相乘以获得大量“哈希”。这一步是发明者 Halvar Flake 和 @rolfrolles 在他们的“基于图形的可执行对象比较”论文中所说的“小素数产品” 。
6. 乘法的结果是程序的调用图签名。
7. 如果 2 个二进制文件的调用图签名相等，则两个二进制文件的调用图很可能相同。我说“很可能”是因为忽略了小函数，而且，使用函数的圈复杂度作为模糊标识符是模糊的：2 个完全不同的函数可以具有相同的圈复杂度。在任何情况下，调用图签名在大多数情况下都足够好（我还没有看到情况不是这样）。
8. 如果调用图签名不同，则分解素数（您已经计算过），在两个集合中删除它们（即，在两个二进制文件中）并计算两个二进制文件中剩余素数（对应于函数）的差异百分比.

比较调用图的另一种方法是遍历两个图并计算两个图之间的差异（考虑到您有某种方法可以确定二进制 A 中的函数 F 等于二进制 B 中的函数 F'，这不是不重要的）。我不建议你这样做，除非解决如何这样做是你的问题/你想做什么。

我的 2 美分。

这是一个非常广泛的问题，由一些简单的问题组成。

如何从命令行操作 IDA？

根据此链接，您可以-S在自动分析完成后使用switch从命令行调用 IDA以运行特定脚本。您可以创建 shell 脚本以从命令行运行多个 ida 实例。

如何生成函数图并保存？

#not tested, beware of errors, use on your own risk
# if you find GDL format problematic you can use ODT format
# by replacing idaapi.CHART_GEN_GDL to idaapi.CHART_GEN_ODT
import idaapi
import idc 
import idautils

for ea in idautils.Functions():
    idc.GenFuncGdl("%s.gdl" % idc.GetFunctionName(ea), idc.GetFunctionName(ea), ea , idc.BADADDR, idaapi.CHART_GEN_GDL)

如何生成整个调用图？

很简单：

idc.GenCallGdl("z:\\callgdl.gdl", "TheTitle", CHART_GEN_GDL)

请注意使用 CHART_WINGRAPH 和 CHART_NOLIBFUNCS 作为标志的可能性。

如果你想使用的功能idaapi模块来代替，看idaapi.gen_simple_call_chart和idaapi.gen_complex_call_chart文档在这里。

如何比较调用图？

这取决于您究竟想从比较中得到什么。

希望能帮助到你。