走哪条路线，有什么优缺点，哪个更安全。。
生成 AES 密钥，用它加密数据，然后用 RSA 加密 AES 密钥，将加密的数据和加密的 AES 密钥保存到文件中，并将 RSA 密钥对保存到 KeyContainer。
或使用 DPAPI ProtectedData 类加密数据并将其保存到文件中，然后将我与 ProtectedData.Protect() 一起使用的熵存储到某个地方..（也可以使用 RSA 对其进行加密，将 RSA 密钥对存储到 KeyContainer 和包含数据的文件的加密熵？）
虽然当您自己选择算法时可能会获得更强的加密（DPAPI 曾经使用 3DES，不知道在 7 中是否仍然如此），但您的密码系统最薄弱的部分几乎总是密钥管理。（假设您使用体面的算法，甚至 3DES 也没有完全破坏）。
使用 DPAPI 意味着您根本不必担心密钥管理（除了首先使用 DPAPI 保护您的密钥）。我确信@Thomas 会给出详细的回复，但通常我的回答是使用 DPAPI。
AES 还是 DPAPI？这取决于您的架构。
例如，如果您想要一个无状态、可销售、负载平衡的网站，则不要使用 DPAPI 进行 cookie/会话加密。如果这样做，您实际上将用户会话限制为单个主机......取决于您的用例。
关于 DPAPI 和 RSA，您可能对这篇MSDN 文章、白皮书和这个关于 DPAPI 私钥的问题感兴趣。