是的，有一种方法可以从 Windows 和 Linux 的文件资源管理器中隐藏文件，即以点开头的文件名.并设置h和s标志。在 Windows 中，可以使用命令行来完成

ren file .file
attrib +h +s .file

现在，文件资源管理器、Nautilus或Konqueror在干净机器上的默认设置中无法看到该文件。

当您将闪存盘插入 Linux 机器并使用 Nautilus 打开它时，您可以按Ctrl+H显示所有隐藏文件。更好的解决方案是使用您喜欢的 shell 在闪存盘的挂载目录中运行此命令。

ls -a

注意：如果您使用 Linux“清理”闪存驱动器，然后将其重新插入可疑的 Windows 机器，您可以假设它再次被感染。

更新：我将尝试从现实世界和实际的角度解决您新表达的担忧。

首先，理论上。Linux 机器有可能感染了强制它隐藏某些文件（即其他恶意软件文件）的恶意软件。但实际上，机会非常渺茫。但就像安全中的任何事情一样，你永远无法确定。

实际上，将受感染的闪存盘插入 Linux 机器并删除所有坏文件（假设您确实知道所有坏文件是什么）可以保证您的闪存盘现在是干净的。只要您不将其重新插入受感染的 Windows 机器，在其他干净的 Windows 机器中使用它是安全的（假设您确定哪些机器是干净的）。

闪存驱动器上的恶意软件 Windows 可执行文件只有在某些时候在 Windows 机器上执行时才有意义。这要求文件对上述 Windows 是“可见的”，至少从操作系统内核的角度来看是这样。通过 Windows 文件资源管理器看不到文件意味着文件资源管理器被破坏（即感染了它自己的恶意软件），或者它有一个严重的错误，阻止它显示文件。无论哪种方式，如果 .exe 文件在 Linux 系统中可见但在 Windows 系统中不可见，则 Windows 系统很可能已损坏。清洁闪存驱动器不足以治愈疾病......

感染 Linux 和 Windows 的恶意软件极为罕见；因此，可以推测，如果给定的闪存驱动器在 Windows 系统和 Linux 系统中看起来都是“空的”，那么它可能真的是空的。这并不意味着任何一台机器本身都是“干净的”。

有几种方法可以做到这一点，其中一些非常深奥，例如打补丁，explorer.exe这样它就会“跳过”恶意软件作者创建的特定文件黑名单。

其他方法也很简单，比如已经提到的system文件属性。

如果这是一个 NTFS 格式的驱动器，另一种在业余恶意软件作者中非常流行的方法是使用NTFS 备用数据流，微软以其无限的智慧决定对explorer.exe程序和dir程序都隐藏它，如果没有适当的工具。

只有上面的后一种方法，使用备用数据流，才会对 Linux 产生任何影响。如果没有安装正确的 NTFS 内核模块，那么 ADS' 在 Linux 上同样难以发现，除非你专门去寻找它们。

似乎您想知道如何安全地清洁闪存驱动器，以便当它重新插入您的 Windows 机器时不会留下任何恶意软件。一种有保证的方法是打开“Gnome 分区编辑器”，默认情况下它在许多 Linux 发行版（包括 Ubuntu）上都可用。

警告这将删除您闪存驱动器上的所有数据，备份您想要从中保存的任何内容（但不要备份恶意软件）

打开此程序后，您应该会看到与您的计算机关联的各种文件系统。在其中找到您的闪存驱动器。在您应该选择重新格式化闪存驱动器的选项下（我建议将 FAT 32 用于新的文件系统类型。这是大多数闪存驱动器的默认设置）。重新格式化后，所有数据都应该消失了，您应该一切顺利。

这是一个指南： http ://www.ehow.com/how_4929061_format-h​​ard-drive-ubuntu.html 请注意您要查找的驱动器是您的闪存驱动器而不是您的硬盘驱动器

如果没有，请为自己找到一份 DBAN 副本，并通过闪存驱动器直接写入零。然后像上面那样重新格式化它，这样你就可以再次使用它了。这很耗时，而且可能不需要，但如果您仍然担心，这将解决问题。

指南： http: //jesgru37.hubpages.com/hub/How-to-Wipe-a-Hard-Drive-Step-by-Step-Guide 再次确保您正在擦除的驱动器是您的闪存驱动器。如果某些事情看起来不对，请不要这样做！此处所做的更改是不可逆转的。