我通过运行 WordPress 蜜罐并搜索 pastebin 收集了大量“Web Shell by oRb”（又名“FilesMan”后门，又名 antichat 后门）文件。变体中的代码显然是相关的。我想弄清楚 WSO 变体的“系统发育”。我找到了 D. Gusfield，Efficient algorithms for inferring evolutionary trees，它对 Caroline Uhler 的Finding a Perfect Phylogeny中的系统发育生成算法有更清晰的解释。

不幸的是，创建一些 WSO 变体的人从其他变体中借用了代码，因此不存在“完美”的系统发育 - 由于恶意软件编写者相当于实践中的“水平基因转移”，某些变体有两个或多个直系祖先由现实生活中的细菌。关于有向无环图的系统发育，我唯一能找到的是Constructing Computer Virus Phylogenies。那篇论文的问题在于，它似乎并没有真正向你展示算法——要么不存在算法，要么被隐藏在各种引理、定理、定义和证明中。

是否还有其他论文实际上显示了可以生成“phyloDAG”的算法的算法或伪代码？我什至会满足于用一种主要的编程语言来实现。