你已经做了很多研究。事实上，如果没有任何插件或扩展，常规网页无法写入用户的文件系统。此外，正如您所观察到的，HTML5 文件系统 API仅提供对虚拟文件系统的访问。

但是，您将chrome.fileSystemAPI 与 HTML5 FileSystem API混淆了。与 HTML文件系统API 不同，Chrome 的fileSystem（应用程序）API 可以直接写入用户指定的文件系统（例如~/Documents或%USERPROFILE%\Documents）。

此 API 仅适用于 Chrome应用程序，不适用于扩展程序。这不是问题，特别是因为您正在开发内部工具，因为您可以安装应用程序和扩展程序，并使用消息传递在扩展程序（页面操作）和应用程序（文件系统访问）（示例）之间进行通信。

关于chrome.downloads：由于您的扩展是内部的，您可能可以强制用户进入 beta/dev 频道以使用此 API。此 API 的唯一限制是文件将保存在用户定义的下载文件夹（的子目录）中。

编辑：该chrome.downloadsAPI 现在可用于所有渠道，包括稳定分支（自 Chrome 31 起）。

恐怕您已经完成了功课，这意味着您已经考虑了所有可能的选择。

实现您想要的效果的最佳方法是（如您所提到的）使用支持本机应用程序并通过本机消息传递进行通信。顺便说一句，由于带宽在 Intranet 上很少成为问题，您可能会发现传递资源（例如图像）URL 并让应用程序下载并保存它们更简单。
（是的，这会比简单地开发一个扩展更麻烦，但一个人必须做他们必须做的事情，对吧？）

另一方面，如果您愿意为了开发的简单性而牺牲一点用户体验，我建议将 HTML5 好东西（允许您在本地创建和下载文件）与 JS 压缩库（例如JSZip）结合起来，所以用户只需要下载一个 zip 文件（并且只提示一次）。顺便说一句，如果用户愿意，他/她可以选择始终下载文件而不提示（但您已经知道了）。

使用本机消息应用程序的想法。

本机应用程序很麻烦而且编写起来很痛苦，因为文档很差，除非您在两端都获得完全正确的 JSON 格式，否则您将不会在控制台中看到任何内容，因为 stdin 和 stdout 已被接管。

但是，完成后您会更开心，因为您可以使用标准工具（例如，Windows 资源管理器、十六进制编辑器、TeamViewer...）来查看、移动和删除文件，以及查看正在发生的事情。Chrome 的沙盒文件系统可以工作，但现在似乎是一个死胡同（其他浏览器都没有采用）。没有人可能会为其开发第三方工具。当然，一旦一切正常，您可能不需要工具，但在那之前，调试是一场噩梦，因为您需要编写代码（以及相当多的代码）来跟踪哪些文件位于哪些目录、文件版本、剩余文件中磁盘空间...

内部（或非内部）使用的另一种解决方案是连接到本地或远程的 websocket 服务器。

您可以将它放在 background.js 或 content.js 中（wss://用于https://）

var ws = new WebSocket('ws://echo.websocket.org');
// var ws = new WebSocket('ws://127.0.0.1:9000');
ws.onmessage = function(res) {
    console.log('received data:', res.data);
};
ws.onopen = function() {
    ws.send('hello');
};