如果站点不相关，最好有不同的证书。如果不同的域有不同的所有者，那就更是如此。

但是，当您尝试从单个 IP 地址提供多个域时，同一系统上的多个证书可能会成为问题。在这种情况下，客户端需要使用服务器名称指示 (SNI) 扩展来向服务器发送它尝试访问的主机的信号。虽然所有最近的 Web 浏览器都支持 SNI，但旧版浏览器（XP 上的 IE8）不支持 SNI，并且一些编程语言仍然存在问题：一年前，python 仅在 2.7.9 中添加了对 SNI 的支持，所以很多系统不支持。虽然 SNI 从版本 7 起可用于 Java，但它仍然会在 Android 上的旧库中出现问题。此外，一些机器人也不支持 SNI，例如搜索引擎 bing 的机器人。

因此，理论上拥有多个证书可能会更好，但实际上这可能会导致问题。

每个站点一个，因此您可以完全控制单个证书的撤销、续订以及证书类型和子域。

此外，您可能需要针对不同网站的不同 SSL 证书类型。