如何在 Google Colab 上设置和运行 Conda

数据挖掘 Python 朱庇特 蟒蛇 谷歌云
2021-10-10 00:55:12

我对使用 Google Colab 进行数据建模很感兴趣。如何在笔记本中安装 conda、创建环境和运行 python?我进行了一些搜索并找到了一些有用的提示,但对此有几个问题。到目前为止,我只能获得部分功能环境。我被困在同一环境中运行另一个单元。似乎切换单元格会将环境重置为默认值。

2个回答

找到了让 Miniconda 在 Google colab 中工作的方法。现在,在第二个单元格中使用 source activate,而不是 conda activate。仍在解决使用 conda 激活的错误。

完整的笔记本演示在这里:

https://donaldsrepo.github.io/Notebooks/GoogleColabCondaCreateEnv.html

带有演示笔记本的 github:

https://github.com/donaldsrepo/SampleNotebooks/blob/master/CondaCreateEnv/GoogleColabCondaCreateEnv.ipynb

Google 默认使用 Python 3.6.9。我使用 Python 3.6.10 创建了一个环境。

要遵循的步骤:

  1. 安装 miniconda
  2. 创造新环境
  3. 运行一些python代码来测试正在使用的环境

一些示例代码:

# try to get the bare minimum to get a new conda env working
conda_path = ''
try:
    conda_path = !which conda
finally:
    print('')

if (len(conda_path) == 0):
    print('installing miniconda')
    !wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh && bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -bfp /usr/local
    !conda update conda -y -q
    !source /usr/local/etc/profile.d/conda.sh
    !conda init 
    !conda install -n root _license -y -q
else:
    print('found miniconda')

conda_envs = !conda env list
res = [i for i in conda_envs if 'test36' in i]
if (len(res) == 0):
    print('not found test36 env', len(res))
    !conda create -y -q --name test36 python=3.6
else:
    print('found test36 env', len(res))

下一个单元格:

%%bash
source activate test36

python
import sys
# maybe only need this the first time we run this notebook
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages')

print("Python version")
print(sys.version)

输出:

Python version
3.6.10 |Anaconda, Inc.| (default, May  8 2020, 02:54:21) 
[GCC 7.3.0]

请注意,版本 3.6.10 是安装在我个人 conda 环境中的版本。您还可以在此处查看您的新环境:

当前的 Google Colab 笔记本

需要指出的几点:

  1. 如果您打开一个新笔记本,则您的新环境不存在。似乎存储在一个临时位置,类似于 docker。

新的 Google Colab 笔记本

更新了在 Google Colab 上安装 Conda 的说明 2021 年 10 月

condacolab使用python 库,这个过程要简单得多

脚步

  1. 导入condacolabpython库

  2. 安装 condacolab

    !pip install -q condacolab
    import condacolab
    condacolab.install()
    
  3. 内核重启后,检查 condacolab 安装

    import condacolab
    condacolab.check()
    

环境

您可以使用环境文件更新基础环境

     !conda env update -n base -f environment.yml

注意:不幸的是,在 condacolab 中只能使用基本环境。避免创建新环境

几个有用的链接