我正在尝试开始一项元分析,我想从公共数据库中提取一些基于 16S 的信息。此外,我想将此信息与相关研究中发现的任何元数据(从环境变量到测序细节的所有内容)联系起来。
为此,我意识到有一些数据库可用,例如 NCBI-Nucletotide、NCBI-SRA 和 EMBL-EBI-ENA,但我不确定该使用哪一个或是否可以全部使用。
如何仅过滤整个 16S 序列?甚至是最常用的16S区域?
还有一件事是如何提取所有相应的元数据?
这里有没有人尝试过这个或类似的东西?
我正在尝试开始一项元分析,我想从公共数据库中提取一些基于 16S 的信息。此外,我想将此信息与相关研究中发现的任何元数据(从环境变量到测序细节的所有内容)联系起来。
为此,我意识到有一些数据库可用,例如 NCBI-Nucletotide、NCBI-SRA 和 EMBL-EBI-ENA,但我不确定该使用哪一个或是否可以全部使用。
如何仅过滤整个 16S 序列?甚至是最常用的16S区域?
还有一件事是如何提取所有相应的元数据?
这里有没有人尝试过这个或类似的东西?