- 小分子 APBS
+ VMD 的简短答案（链接）

-更长的答案
首先，您需要将分子转换为PQR 格式。PQR 相当简单，并且是空格分隔的：

Field_name Atom_number Atom_name Residue_name Chain_ID Residue_number X Y Z Charge Radius

PQR 是每个原子一行。Field_name 应始终为ATOM. 接下来的五个字段都与旧 PDB 格式使用的残基命名方案有关。如果您想要做的唯一事情是可视化该字段，您可以只0001 H DUM A 001为每个原子使用这五个字段，只要您在每行（ ）上将 Atom_number 字段增加 1 0001, 0002, etc.)。特别注意 XYZ 场，它们（显然）是原子的 xyz 坐标，以及电荷场，（也很明显）是原子的部分电荷。由于你没有隐式溶剂，半径场是无关紧要，可能应该0为所有原子设置为。

如果您已经有部分费用（我将假设您已经有坐标），那么编写一个创建 PQR 文件的脚本应该很简单。如果您还没有部分费用，或者您的分子恰好采用某些可接受的格式（MOL2、PDB 或 XML），您可能应该弄清楚如何使用PDB2PQR 工具来制作您的 PQR 文件。

安装APBS和VMD，然后按照此处的说明进行操作。需要注意的一件事：由于您没有隐式溶剂，因此在“运行静电计算”的第 3 步中，您需要将溶剂和溶质介电常数设置为等于您在 MD 模拟中使用的任何介电常数（如果您没有知道它是什么，将它们都设置为 1 应该没问题）。

应该是这样的。如果您有任何问题，或者如果它不起作用，请添加一些评论，我会看看我能做些什么来回答/修复它。

如果电荷的数量不是太大，手动编码势的公式，然后用Sage或 Mathematica 象征性地求导应该很容易。

如果您有大量的费用（几十个或更多，在一个文件中很长以手动转换为某些东西），您可以将费用及其位置读取到 python 列表中，分别计算它们中的每一个的潜力，然后然后把所有的势加在一起。