我不是 X 射线晶体学家，但据我所知，在将球棒分子模型拟合到晶体衍生的电子密度图的过程中，经常需要大量的猜测和直觉。这种猜测工作往往会在最终的原子坐标集中引入大量错误。
我尝试过的量子力学模拟程序（Gaussian，Gamess）使用原子坐标作为输入。是否有任何 QM 方法直接利用电子密度图中包含的信息，与原子坐标结合或代替原子坐标？
如果目前没有可以直接整合电子密度数据的QM软件包，理论上是否可以制作？这似乎是消除原子拟合期间引入的一些错误的好方法，并使模拟输入的源更接近实际实验数据。电子密度数据对模拟有用吗，还是我只是在妄想？
如果家里有结构生物学家和/或 QM 大分子模拟器，请帮我解决这个问题。
我不认为这会有用，也不知道它正在任何地方实施，但正如他们所说，没有证据并不是没有证据的证据。不久前，我看到了 Reimers 和同事关于在 XRD 拟合的最终细化中使用ab initio方法的研究的讲座，除了细化中经常使用的受限 MD，但这与使用 ESD 映射非常不同启动计算。
在 XRD 中，电子密度图是核坐标的代表，而在 QM 计算中，电子密度是核坐标的函数，并且可以通过从猜测波函数收敛相当容易地获得*。使用电子密度作为 QM 计算的唯一输入仍然需要对核坐标进行初始猜测，因为没有这些，您就没有使 QM 计算有意义的核势。
QM 计算当然对于试图阐明有争议的 XRD 结构非常有用，其中可能存在对一个或多个结构的多种解释。从 QM 计算中获取额外电子结构信息的能力意味着您还可以尝试将 QM 模型与 EPR、NMR 等其他实验技术相协调。这允许研究人员连接原本独立的数据套件。
我希望这对你来说很有趣！
*YMMV！