pythonPyMOL库似乎非常接近您的需求。例如，请参阅诱变示例。它是 Python，而不是 C++；但是，您可以两全其美。

但是，如果您对过程而不是结果更感兴趣，我建议您使用一些 PDB IO 库，例如，来自 UCSF、开源、C/C++ 的 PDB Record IO 库，读取您的 PDB 数据并编写突变函数根据您的需要。这样一来，您就可以避免开发 PDB IO 和存储并专注于有趣的部分。

这通常由您使用的分子模拟软件完成。例如，在 NAMD 中，这可以使用psfgen命令来完成（参见用户指南的第 10 页）。该命令的源代码是用 C 语言编写的，并公开了一个 TCL 接口，因此您可以根据自己的需要对其进行调整。但请记住，在对残基进行突变后，您可能需要进行短暂的平衡运行以获得系统的合理几何形状。