使用 FFTW 的接口，我可以通过修改参数（例如，使用）guru将变换仅应用于多维数组的一部分。不幸的是，似乎没有具有相同参数的 MPI 接口（参见，例如，）。有谁知道我如何使用 MPI 将 FFTW 的一种转换仅应用于多维数组（子数组）的一部分？fftw_iodimfftw_plan_guru_r2r(...)fftw_mpi_plan_r2r(...)
带有 MPI 的子阵列上的 FFTW
计算科学
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mpi
fftw
2021-12-16 06:50:59
1个回答
该guru接口的重点是在不将数据复制到连续数组中的情况下进行复杂的 FFT。如果数据无论如何都需要通过 MPI 进行通信，那么这个优势并不是很重要。在 MPI 设置中，利用类似大师的界面将是复杂且无效的。
换句话说，如果您的数据不是预期的 MPIFFTW 2D/3D/ND 格式，那么复制这种格式的数据并应用现有的（非 guru 接口）功能与通信成本相比并不可怕。
至于部分维度 FFT，原因基本相同，要么在本地维度中应用本地（甚至大师）FFTW，然后复制到一个或多个 FFTWMPI 兼容布局中，然后执行 MPIFFT 并复制回布局。
我从未使用过它，但 FTWMPI 有一个XM_plan_many_dft可能有助于多 MPI 案例，带有签名
plan XM_plan_many_dft(int rnk, const ptrdiff_t *n, ptrdiff_t howmany,
ptrdiff_t block, ptrdiff_t tblock, C *in, C *out,
MPI_Comm comm, int sign, unsigned flags);
http://www.fftw.org/fftw3_doc/Advanced-distributed_002dtranspose-interface.html
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