我正在做一个多元 Cox 回归,我有重要的自变量和 beta 值。该模型非常适合我的数据。
现在,我想使用我的模型并预测新观测值的存活率。我不清楚如何用 Cox 模型做到这一点。在线性或逻辑回归中,这很容易,只需将新观察值放入回归中并将它们与 beta 相乘,这样我就可以预测我的结果。
如何确定我的基线危害?除了计算预测之外,我还需要它。
这是如何在 Cox 模型中完成的?
我正在做一个多元 Cox 回归,我有重要的自变量和 beta 值。该模型非常适合我的数据。
现在,我想使用我的模型并预测新观测值的存活率。我不清楚如何用 Cox 模型做到这一点。在线性或逻辑回归中,这很容易,只需将新观察值放入回归中并将它们与 beta 相乘,这样我就可以预测我的结果。
如何确定我的基线危害?除了计算预测之外,我还需要它。
这是如何在 Cox 模型中完成的?
也许你也想尝试这样的事情?拟合 Cox 比例风险模型并使用它来获得新实例的预测生存曲线。
从 R 中survfit.coxph的帮助文件中取出(我刚刚添加了行部分)
# fit a Cox proportional hazards model and plot the
# predicted survival for a 60 year old
fit <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ age, data=ovarian)
plot(survfit(fit, newdata=data.frame(age=60)),
xscale=365.25, xlab="Years", ylab="Survival", conf.int=F)
# also plot the predicted survival for a 70 year old
lines(survfit(fit, newdata=data.frame(age=70)),
xscale=365.25, xlab="Years", ylab="Survival")
您应该记住,尽管比例风险假设仍然适用于您的预测,但您预测的患者应该来自与您用于推导 Cox 比例风险模型的人群在质量上相同的组。预言。
predictSurvProb
如果您使用 R ,包中的函数pec
可以为您提供基于现有 cox 模型的新数据的绝对风险估计。
我无法解释的数学细节。
编辑:该函数提供生存概率,到目前为止我将其视为 1-(事件概率)。
编辑2:
没有 pec 包也可以。仅使用生存包,以下函数基于 Cox 模型返回绝对风险
risk = function(model, newdata, time) {
as.numeric(1-summary(survfit(model, newdata = newdata, se.fit = F, conf.int = F), times = time)$surv)
}
包的basehaz
功能survival
提供了事件时间点的基线危害。从中,您可以逐步计算 ocram 提供的数学运算,并包括您的 coxph 估计值的 OR。