我一直在尝试将信号拟合到 2D 高斯函数,虽然我能够使用 sciKit-image 的curve_fit
函数来找到参数的协方差矩阵,但我不知道如何估计测量的高斯函数的误差,以及总积分强度的误差。
我的二维高斯的当前参数是:
amplitude
- 比例因子,mu_x
和mu_y
,沿 x 轴和 y 轴的高斯中心,sig_u
和sig_v
,高斯的宽度,定义为沿和垂直于其对角线,theta
, 旋转度数, 和offset
,从 0 开始的偏移量。
根据我的阅读,我尝试了几种方法来量化高斯中的误差(适合 64 x 64 像素网格,供参考),并想知道哪种方法更合适(或者如果它们都不是):
1. 原始信号和拟合信号之间的平方差
首先,我将高斯方差作为每个像素的原始信号和拟合信号之间的平方差。使用的方程如下:
# Variance for each pixel
var_g = (signal - model)**2 # returns a 64 x 64 array with variances at each point
然后,为了找到总积分强度,我对模型数组求和:
# Calculating the total integrated intensity
int_sum = model.sum() # This is summed over 64 x 64 = 4096 pixels
int_sum = g[0][0] + g[0][1] + g[0][2] + ... + g[63][63]
据我了解,错误组合的公式为:
var_int = diff(I, g)**2 * var_g[0][0] + diff(I, g)**2 * var_g[0][1] + ...
其中diff(I, g)
意味着对沿高斯函数的每个单独点的强度函数进行微分。由于它是一个线性函数,我的理解是这diff(I, g)
只是一个,var_int
因此是:
var_int = var_g.sum()
2. 错误组合
我尝试的另一种方法涉及从 2D 高斯获取参数并使用它们来计算每个像素的高斯方差,再次使用误差组合定律:
# Variance at each pixel
var_g = diff(g, amp)**2 * var_amp + diff(g, mu_x)**2 * mu_x + ... + diff(g, offset)**2 * offset
同样,因为总积分信号是高斯函数的线性方程,所以总积分信号的方差为:
var_int = var_g.sum()
在这种情况下哪种方法更合适,如果不是,您会建议我做出哪些建议/更改?
谢谢!
更新:我用来生成二维高斯的代码如下。
import numpy as np
def Gaussian2D_v5(coords=None, # x and y coordinates for each image.
amplitude=1, # Highest intensity in image.
xo=0, # x-coordinate of peak centre.
yo=0, # y-coordinate of peak centre.
sig_u=1, # Standard deviation in u.
sig_v=1, # Standard deviation in v.
theta=0, # Orientation of the diagonal matrix, in degrees
offset=0): # Offset from zero (background radiation).
# Set x and y coordinates
x, y = coords
# Convert numbers to floats
xo = float(xo)
yo = float(yo)
# Convert theta to radians
theta = np.deg2rad(theta)
# Define diagonal matrix
mat_diag = np.asarray([[sig_u**2, 0],
[0, sig_v**2]])
# mat_diag = np.asarray(mat_diag)
# Define rotation matrix
mat_rot = np.asarray([[np.cos(theta), -np.sin(theta)],
[np.sin(theta), np.cos(theta)]])
# mat_rot = np.asarray(mat_rot)
# Define covariance matrix
mat_cov = np.matmul(np.matmul(mat_rot, mat_diag),
np.linalg.inv(mat_rot))
# Set the coordinates and stack them along the last axis
mat_coords = np.stack((x - xo, y - yo), axis=-1)
mat_coords_row = mat_coords[:, :, np.newaxis, :]
mat_coords_col = mat_coords[:, :, :, np.newaxis]
# Perform calculation across the meshgrid
G = amplitude * np.exp(-0.5 * np.matmul(np.matmul(mat_coords_row,
np.linalg.inv(mat_cov)),
mat_coords_col)) + offset
# Reduce the dimensions of the answer
return G.squeeze().ravel()
# Generating the noisy Gaussian
coords = np.meshgrid(np.arange(0, 64), np.arange(0, 64))
model = Gaussian2D_v5(coords,
amplitude=20,
xo=32,
yo=32,
sig_u=6,
sig_v=3,
theta=20,
offset=20).reshape(64, 64)
noise = np.random.normal(0, # mean
10, # standard deviation
(64, 64)) # array shape
signal = model + noise
# Curve fitting
# Set initial guess
p0 = [20, # amplitude
32, # xo
32, # yo
2, # sig_u
2, # sig_v
0, # theta
0] # offset
# Set upper and lower bounds
bound_lo = [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
bound_hi = [100, 64, 64, np.inf, np.inf, 90, np.inf]
bounds = (bound_lo, bound_hi)
# Fit to 2D Gaussian equation
popt, pcov = curve_fit(Gaussian2D_v5,
coords,
signal.ravel(),
p0=p0,
bounds=bounds)
# Generated fitted curve
model = Gaussian2D_v5(coords, *popt).reshape(64, 64)