尽管对等互连可以带来巨大的好处，但肯定有一些缺点：

对等互连不一定要更便宜。事实上，如果您的对等端口的利用率很低，那么如果您查看每 mbit/sec 的价格，您很可能最好购买传输。如果对等端口被积极使用，它们会在财务上变得高效，而在中转端口上，您通常可以承诺在高带宽端口上降低使用率。

此外，对等路由不必比中转路由更好。很可能是您的交通供应商拥有更短或容量更大（或两者兼有）的可用路径。当您的对等方进行“远程对等互连”时尤其如此，他们将流量从 IXP 回传到更长距离的网络。例如：如果在欧洲托管其服务的网络向美国租用电路并连接到那里的 IXP，则在美国存在的网络可以确定这是交换流量的最佳地点，可能从他们的网络发送流量在欧洲到美国，然后再次被发送回欧洲，因此该路径上的延迟很高。IP 传输提供商通常能够将流量保持在欧洲范围内。

然后是时间。建立和维护对等会话需要时间。其中一部分可以自动化，但这也需要时间。在每个对等会话上设置适当的过滤器，这样您就不会只接受向您发布的任何路由，这也会占用相当长的时间。而且您不想成为导致路由泄漏的某些对等点配置错误的受害者...

另一个很大的区别是没有 SLA。当然，许多 IXP 确实提供了某种关于对等结构可用性的 SLA，但没有一个对等方会为您提供有关对等会话的正常运行时间的 SLA。同行长时间放弃 IXP 并不少见。因此，您需要能够将流量卸载到其他地方。

此外，大多数开放式对等协议可以在没有任何事先通知的情况下更改或终止。因此，如果一个对等点决定离开 IXP 或更改他们的对等互连策略并对您进行 depeer，那么您无能为力，流量需要转移到其他地方。

在 IXP 上对等的最后一个缺点是，当对等方从 IXP 上掉线时，您通常必须依赖 BGP 超时（通常很长）。在路线更新之前，交通将成为黑洞。在中转会话中，您通常有一个可以监控的第 1 层连接（当它丢弃 BGP 时不需要等待超时），或者可以使用 BFD 等协议来检测对等方的问题。