我尝试为文件中的所有 SNP 绘制 VCF 文件的三个值（QUAL、DP 和定相速率）。

我认为 PCA 图将是减少绘图尺寸和比较值的好方法，尽管它们的比例不同。

我试图用不同的 R 包构建 PCAggbiplot和pca3d，但似乎点云的分布总是倾斜的，因为缺少一个维度。在下面找到用于生成 ggbiplot 的代码。

有人会建议将三个不同尺度的值减少到二维 PCA 吗？

library(devtools) 
library(ggbiplot) 

# Create the dataframe
df <- df[c("quality", "phasing", "depth")]  

# Create the PCA dataset
pop.pca   <- prcomp(df, center = TRUE,scale. = TRUE)

# Create the plot
ggbiplot(pop.pca) +     
scale_y_continuous(trans='log10') +
scale_x_continuous(trans='log10')