来自 Gower 距离的正半定核矩阵

数据挖掘 分类 分类数据 距离 核心
2022-03-02 00:50:32

我有一个包含连续变量和分类变量的数据框,我想获得一个用于分类的核矩阵。核矩阵必须是对称的和半正定的,因此没有特征值是负的。我从混合数据的 Gower 距离矩阵开始,它不是半正定的。我试图将Gower距离矩阵转换为具有R中包功能D2Ks半正定对称核,但没有成功。MiRV我也尝试应用第 799 页的方法,Zhao, Ni et al. “Testing in Microbiome-Profiling Studies with MiRKAT, the Microbiome Regression-Based Kernel Association Test” American journal of human genetics vol. 96,5 (2015): 797-807.但没有成功。我总是得到一个具有正负特征值的不定核矩阵。有什么建议吗?

1个回答

您可以在 R 中使用nearPD将矩阵转换为其最近的正定对应物。