有谁知道可逆跳转 MCMC 的一些编写良好的代码（在 Matlab 或 R 中）？最好是一个简单的演示应用程序来补充有关该主题的论文，这将有助于理解该过程。
可逆跳转 MCMC 代码（Matlab 或 R）
机器算法验证
r
matlab
参考
马尔可夫链蒙特卡罗
2022-03-06 18:25:23
4个回答
RJMCMC 是由Peter Green在1995 年的一篇引文经典论文中介绍的。他为自动 RJMCMC编写了一个名为AutoRJ的 Fortran 程序；他的页面链接到 David Hastie 的 C 程序AutoMix。Scott Sisson 在 2005 年发表的一篇论文的表 1 中列出了各种 RJMCMC 算法的免费软件列表。谷歌搜索还可以从格拉斯哥大学的一个小组中找到一些伪代码，如果您想自己编程，它们可能有助于理解这些原理。
King等人的《人口生态学贝叶斯分析》一书。在种群生态学的背景下描述了 RJMCMC。我发现那里的描述非常清楚，他们在附录中提供了 R 代码。
这本书也有一个相关的网页，但书中找到的一些代码不在网站上。
只需在@onestop 的答案中添加一个细节：我发现 Olivier Cappé (CT/RJ MCMC) 发布的 C 软件对于理解可逆跳转 MCMC 算法非常有帮助（特别是如何设计生死概率和分裂概率）合并动作）。源代码的链接是： http: //perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Code/CTRJ_mix/About/
Jailin Ai 很好地介绍了 RJ MCMC（尽管它与 Green 的原始论文非常接近）以及伴随的 R 代码，作为他在利兹的硕士论文的一部分。还给出了变点问题的深入示例，这些示例也包含在 Green 1995 年的论文中。
在这里找到论文和代码：
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