GLMM 的 anova III 型测试

机器算法验证 r 方差分析 lme4-nlme 混合模式
2022-03-04 16:00:04

我正在R 包中拟合glmer模型。lme4我正在寻找其中显示 p 值的 anova 表,但我找不到任何适合它的包。可以在R中做到吗?

我拟合的模型是以下形式:

model1<-glmer(dmn~period*teethTreated+(1|fullName), 
   family="poisson", 
   data=subset(dataset, 
          group=='Four times a year'),
   control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))
1个回答

如果您愿意接受 Wald 测试,这应该可行:

library(lme4)
library(car)
gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
                   data = cbpp, family = binomial)
Anova(gm1,type="III")

但是,请注意(来自?Anova):

“type-II”和“type-III”的名称是从 SAS 借用的,但这里使用的定义与 SAS 使用的定义并不完全对应。Type-II测试是根据边缘性原则计算的,先测试每个term,除了忽略term的高阶亲属;所谓的 III 型测试违反了边际性,将模型中的每个项都测试在所有其他项之后。II 类检验的定义对应于 SAS 为方差分析模型生成的检验,其中所有预测变量都是因子,但不是更普遍的(即,当有定量预测变量时)。为 III 型测试制定模型时要非常小心,否则测试的假设将毫无意义。

我会非常仔细地检查您的结果,以确保它们有意义!

或者,您可以使用afex::mixed通过似然比检验或参数引导来获得类似的表格;后者是最准确的,但也是迄今为止最慢的。

有关GLMM 上下文中 p 值计算的更一般性讨论,请参阅包?pvalues中的内容。lme4