这不是一个容易回答的问题（至少对我来说），但我的猜测是绝大多数人都使用他们正在使用的程序的默认设置（不管这是否是正确的方法）。而且我相当有信心，那些知道要使用哪种类型的平方和（并且偏离默认设置）的人一定会在方法中提到这一点。

我个人更担心的是，许多论文没有足够仔细地提及哪些程序/包/函数用于运行分析。了解这一点可能有助于缩小使用的设置范围。

目前我手头没有报告用于运行分析的平方和类型的论文，但如果我遇到一个，我会将其添加到我的答案中。

编辑： 使用您感兴趣的领域的关键字在 Google Scholar 上搜索并添加“平方和”将引导您找到您所要求的论文。例如，在我的情况下，我搜索了 xylem water sum of squares，从而产生了这篇论文http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1469-8137.2003.00816.x/full（见表 1 和 2 脚注）。