我进行了一项实验来研究酵母（包含 5000 个基因）对热休克引起的压力的反应。我有一个 48 个基因在 37ºC 时过表达的列表和另一个 145 个基因在 42ºC 时过表达的列表。两者都有 38 个基因过表达。
碰巧我预计它们中只有一个基因过表达，我如何计算我获得的重叠是否显着？我怎样才能获得价值？我对生物统计学或数学软件一无所知。非常感谢你！！！非常欢迎任何帮助:)
两个基因表达样本之间的重叠是否显着？
机器算法验证
统计学意义
微阵列
2022-03-26 02:20:23
2个回答
桌子看起来像这样
37 deg C
42 deg C yes no
yes 38 97
no 10 4855
是和否是指是否过度表达的情况我在SAS中运行了Fisher的精确测试输出粘贴在下面：
Laura Gene expression data
The FREQ Procedure
Statistics for Table of Group by expressed
Fisher's Exact Test
Cell (1,1) Frequency (F) 4855
Left-sided Pr <= F 1.0000
Right-sided Pr >= F 4.776E-53
Table Probability (P) 8.132E-51
Two-sided Pr <= P 4.776E-53
Sample Size = 5000
您在此处看到，Fisher 精确检验的 p 值非常小，远小于 0.0001。
这准确地显示了您所说的观察到的 38 在两种温度下过度表达的情况远远大于您在独立时所期望的值，正如您所说的那样，它将是 1.296。
迈克尔提到的确切测试可能是我推荐用来解决问题的方法（最少的假设）。作为参考，相应的常见统计检验将是独立性的考验。
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