我认为可以分析仅具有随机效应的模型,但我不确定,因为我从未这样做过。我正在寻找有关它是否合适、我需要注意哪些假设以及如何正确执行的指导。
来自我对昆虫的研究;
- 我有一个响应变量(死亡年龄,“年龄”)
- 两个处理(“Treat1”和“Treat2”),都有两个级别(Treat1 有“A”和“B”,Treat2 有“P”和“Q”)
- 还有40个基因型(1-40)
- 每个基因型/Treat1/Treat2 组合的四个重复(w、x、y、z)
- 每个重复包含 50 个人
简而言之,我的数据看起来像这样的 32000 行:
Treat1 Treat2 Genotype Block Individual Age
A P 1 w 1 23
A P 1 w 2 35
A P 1 w 3 44
. . . . . .
. . . . . .
. . . . . .
B Q 40 z 50 76
我想知道 Treat1 和 Treat2 的每种组合(AP、AQ、BP、BQ)是否具有遗传遗传变异 - 即每种治疗组合中我的 40 种基因型之间是否存在变异?
我想我需要为每个 AP、AQ、BP 和 BQ 建立一个模型,大致如下:
Age ~ Genotype [ Treat1 == "A" & Treat2 == "P"] * Block [ Treat1 == "A" & Treat2 == "P"]
其中基因型和块是随机效应。我听说 Gamma 分布更适合用于寿命(至死亡时间)模型。
我的问题是:
一个。这是显示我的基因型是否有变异的合适方法吗?
湾。我可以构建上面定义的四个模型还是这样做真的很糟糕?
C。如果可能,我应该在 R 中使用哪些函数(lm、glm、lmer ... & summary、summary.lm、aov、anova ...)?
d。如果伽玛比高斯更适合,我应该期待什么时候比较plot(model)伽玛与高斯比较?
这是目前我的模型...
AP= df$Treat1=="A" & df$Treat2=="P"
apmodel<- lmer(df$Age[AP]~(1|df$Genotype[AP])+(1|df$Block[AP]))
summary(apmodel)
我认为这是正确的,但我不确定如何处理输出..
> summary(apmodel)
Linear mixed model fit by REML
Formula: df$Age[AP] ~ (1 | df$Genotype[AP]) + (1 | df$Block[AP])
AIC BIC logLik deviance REMLdev
57343 57371 -28667 57336 57335
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
df$Genotype[AP] (Intercept) 17.23798 4.15186
df$Block[AP] (Intercept) 0.15416 0.39263
Residual 93.18777 9.65338
Number of obs: 7757, groups: df$line[AP], 40; df$Block[AP], 4
Fixed effects:
Estimate Std. Error t value
(Intercept) 49.9948 0.6939 72.05
有遗传变异吗??