Rob Tibshirani 在他 1997 年发表在 Statistics In Medicine 16:385 上的论文“The lasso method for variable selection in the Cox model”中建议使用 lasso 和 Cox 回归进行变量选择。有谁知道 R 中的任何 R 包/函数或语法使用 Cox 模型进行套索？
带 LASSO 的 Cox 模型
机器算法验证
r
回归
生存
套索
cox模型
2022-03-24 09:21:45
2个回答
这里有两个建议。首先，您可以查看来自 Friedman、Hastie 和 Tibshirani 的glmnet包，但请参阅他们的 JSS 2010 (33) 论文，Regularization Paths for Generalized Linear Models via Coordinate Descent。
其次，虽然我从未使用过这种惩罚模型，但我知道惩罚包在 GLM 和 Cox 模型上实现了 L1/L2 惩罚。我在这个包（这是普通回归）中发现有趣的是，您可以在模型中包含一组未惩罚的变量。
相关的出版物现在是：
戈曼 JJ (2010)。Cox 比例风险模型中的 L-1 惩罚估计。生物识别杂志52 (1) 70-84。
当然，在提出问题多年后，但似乎有一个 Coxnet R 包（自 2015 年以来）https://cran.r-project.org/web/packages/Coxnet/Coxnet.pdf，我计划为蛋白质组学数据尝试惩罚 Cox 模型。