hclust() 采用一个距离矩阵，您可以自己构建它，在 R 中进行计算或从其他地方读取它们。as.dist() 可用于将任意矩阵转换为“dist”对象，这是 hclust() 理解的距离矩阵的方便表示。显然，您自己的距离是否有意义是另一个问题，但很容易尝试。

如果您想对所有 X 和 Y 对应用任意函数以获得矩阵，请查看 outer()

看看proxy，它从任何自定义函数创建距离矩阵。

set.seed(1)
mat <- matrix(runif(5))
fn <- function(x, y) 1 - cos(x - y)

proxy::dist(mat, method = fn)

                1           2           3           4
2 0.005678023                                    
3 0.046859766 0.020078605                        
4 0.199519068 0.140284488 0.055706274            
5 0.002036234 0.014490103 0.068096902 0.239378143

我的方法是为两个向量编写距离函数，并使用 apply 函数计算到向量对的距离（例如，存储在数据框中）。使用 as.dist() 将此对称矩阵转换为 dist 对象。

hclust() 将 dist 对象作为参数。

如果您正在绘制热图或其他内容，则将自定义函数提供给 distfun 参数会覆盖默认值。