如何在 R 中执行二等列分析?

机器算法验证 r 实验设计 遗传学
2022-03-24 18:50:43

使用 Griffing 和 Hayman 方法的 Diallel 分析在植物育种和遗传学中非常常见。我想知道是否有人可以分享关于 Diallel Analysis 的 R 工作示例。是否有任何涵盖工作示例的好参考书?谢谢

参考:

Griffin B (1956) 与双列交叉系统相关的一般和特定组合能力的概念。Aust J Biol Sci 9:463-493 [ pdf ]

Hayman BI (1954) 拨号表的方差分析。生物识别 10:235-244 [ JSTOR ]

Hayman BI (1954) 双列杂交的理论和分析。遗传学 39:789-809 [ pdf ]

3个回答

有beta包植物育种,可以做双列分析。

https://r-forge.r-project.org/projects/plantbreeding/

他们有一个博客:

http://rplantbreeding.blogspot.com/

以下是此包中的示例:

require(plantbreeding)
 data(fulldial) 
 out <-diallele1(dataframe = fulldial, male = "MALE", female = "FEMALE",  
 progeny = "TRT", replication = "REP", yvar = "YIELD" )

print(out) 
out$anvout # analysis of variance 
    out$anova.mod1 # analysis of variance for GCA and SCA effects 
out$components.model1 # model1 GCA, SCA and reciprocal components 
    out$gca.effmat # GCA effects
out$sca.effmat # SCA effect matrix 
    out$reciprocal.effmat # reciprocal effect matrix 

out$varcompare  # SE for comparisions 
    out$anovadf.mod2   # ANOVA for model 2
out$varcomp.model2  # variance components for model 2 

我认为您不太可能在 R 中找到用于分析拨号盘的工作示例。

我确实在 SAS 中找到了一些关于二等位基因分析的参考资料(例如,在这里,并且在《植物遗传学家和育种者的公式和软件手册》一书中有一个关于 DIALLEL-SAS 的章节)。

Jawahar R. Sharma 所著的《植物育种中的统计和生物识别技术》一书第 184 页有一个很好的例子。在 Google 书籍中可见。