如何在 R 中执行二等列分析?
机器算法验证
r
实验设计
遗传学
2022-03-24 18:50:43
3个回答
有beta包植物育种,可以做双列分析。
https://r-forge.r-project.org/projects/plantbreeding/
他们有一个博客:
http://rplantbreeding.blogspot.com/
以下是此包中的示例:
require(plantbreeding)
data(fulldial)
out <-diallele1(dataframe = fulldial, male = "MALE", female = "FEMALE",
progeny = "TRT", replication = "REP", yvar = "YIELD" )
print(out)
out$anvout # analysis of variance
out$anova.mod1 # analysis of variance for GCA and SCA effects
out$components.model1 # model1 GCA, SCA and reciprocal components
out$gca.effmat # GCA effects
out$sca.effmat # SCA effect matrix
out$reciprocal.effmat # reciprocal effect matrix
out$varcompare # SE for comparisions
out$anovadf.mod2 # ANOVA for model 2
out$varcomp.model2 # variance components for model 2
我认为您不太可能在 R 中找到用于分析拨号盘的工作示例。
我确实在 SAS 中找到了一些关于二等位基因分析的参考资料(例如,在这里,并且在《植物遗传学家和育种者的公式和软件手册》一书中有一个关于 DIALLEL-SAS 的章节)。
Jawahar R. Sharma 所著的《植物育种中的统计和生物识别技术》一书第 184 页有一个很好的例子。在 Google 书籍中可见。
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