请参阅此相关问题。所有相同的建议都适用于您的情况。只是强调几点：

1. 使用 R 是一个很好的方法，尤其是使用ggplot2包。这既灵活又能产生非常高质量的输出。ggplot2 网站和整个网络（包括本网站）上有很多示例。
2. 为了提高绘图的质量，您应该考虑使用与默认不同的设备驱动程序，并选择高质量的输出（例如 SVG）。开罗套餐是一个不错的选择。您只需在绘图之前调用您的绘图函数，它就会重定向到 Cairo 作为输出设备。 Cairo可以与任何绘图软件一起使用，而不仅仅是 R。
3. 就将您的情节放在 LaTeX 出版物中而言，这就是Sweave所扮演的角色。它使将绘图与您的论文相结合成为一项微不足道的操作（并具有额外的好处，即为您留下可重现和可理解的东西）。如果您有长时间运行的计算，请使用 cacheSweave。

如果您需要有关特定情节的更具体帮助，我建议您提供更多详细信息。

编辑

如果你想要一个具体的例子，最好提供更多的规范。更多使用 ggplot 的例子，也可以参考LearnR 博客。这是一个将 ggplot 与 Cario 相结合以获得高质量输出的示例。

CairoPDF("plot.pdf", 6, 6, bg="transparent")
qplot(factor(cyl), wt, geom=c("boxplot", "jitter"), color=am, data=mtcars)
dev.off()

您可以使用 R 帮助功能查看这些包的文档。

您可能知道TeXexample.net。TeX 包pgfplots也可能对您感兴趣：它提供了非常完整的手册并允许直接调用 gnuplot。

就个人而言，我使用Sweave将R代码、绘图和表格（请参阅包xtable）嵌入到 Latex 文档中。它非常方便，尤其是当您需要对输入数据进行额外的处理或统计测试时。有很多关于 R 及其绘图功能的资源：R Graph gallery、ggplot2网站和书籍、R Graphics和Lattice书籍，以及许多其他关于 R 的通用教程，它们演示了如何绘制数据。