克里斯托弗关于数组的大小是正确的。简单地说，如果这转换为 1.6B 浮点数，每个浮点数 16 个字节（32 位版本；64 位更大），那么您正在尝试创建一个大约 26 GB 的数组。即使你有内存，我想它可能会在此过程中使其他东西过载。

（也许不是，但一般来说，任何计算密集型的操作都应该首先提出你是否在做正确计算的问题。如果你确实需要做这么大的事情，那么你应该尝试将其分解为更易于管理的块，这些块可以并行运行或分布在机器上。）

但是鉴于您正在描述一个非常非常宽的数据集（约 40k 列 x 180 行），我想知道您是否真的想采用转置数据集的协方差矩阵（所以 180x180 = 32,400 协方差）？那将是一个更容易处理的问题，并且更容易看出它可能如何有用。

在任何情况下，在实际使用它的时候计算每个成对协方差（或至少计算所有 x_k 的 cov(x_i,x_k) 的向量）可能要好得多！= x_i），而不是计算最初是一个巨大的矩阵，然后稍后再引用它。抛开内存问题不谈，如果您开始并行运行，它会让您的生活变得更轻松，并有助于确保您不会将资源浪费在不必要的计算上。

由于您有 39,949 个变量，协方差矩阵将包含大约 16 亿个元素 (39,949 * 39,949 = 1,595,922,601)。这可能就是您收到该错误的原因。