我认为我从未见过任何我认为在软件设计方面“好”的科学计算软件。我不是指功能方面，而是指良好的高级设计、编码标准、可读性等方面。我遇到的大多数事情都有某种程度的不良代码气味。

有哪些真正优秀的计算科学软件工程的例子？你为什么喜欢它？最好是开源的，这样我们就可以看到它，任何语言。

为了尽量减少问题的主观性，并且因为没有一种“正确的方法”来做事，请给出具体的例子，比如软件设计模式、敏捷开发实践、回归测试以及在科学代码中实现的类似事物。

我喜欢这篇题为“Doom3 源代码的非凡之美”的帖子。我很想在科学界看到一个类似的例子。