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分子动力学 (MD) 模拟的比例或顺序是什么？

计算科学参考请求模拟分子动力学

2021-12-21 19:09:00

通常在计算科学中，我们谈论特定方法的缩放或顺序（ $\mathcal{O}(N)$ , $\mathcal{O}(N^2)$ , $\mathcal{O}(N \log N)$ ，等等。）。

我很难找到可以下订单的资源（书籍、期刊文章或网站） $\mathcal{O}$ （关于 $N$ ，粒子数）用于分子动力学（MD）模拟。你能帮我么？谢谢！

1个回答

由于每种原子的大小是固定的，因此对于给定的精度水平，渐近成本主要由远场静电相互作用决定。这些是 $O(n)$ 使用多重网格和 $O(n \log n)$ 使用 FFT。因此最优复杂度是 $O(n)$ 每个时间步长作为模拟原子数的函数。时间步也是渐近常数，所以模拟的总复杂度 $n$ 时间的粒子 $t$ 是 $O(nt)$ .

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