在我们的研究机构,我们经常进行所谓的 PALM(光激活定位显微镜)或 STORM(随机光学重建显微镜)实验。
您可以在上面的链接中阅读有关它的所有信息,但简而言之,它归结为:
- 普通光学显微镜受衍射限制。由于我们使用的波长和光学器件的性质,我们只能解析大于 200-300 nm 的特征。
- 我们可以通过寻找方法来观察样本中的点发射器并使用已知的“点扩散函数”来以亚衍射极限精度拟合这些发射器的位置来规避这种分辨率限制。
- 观察样本中的许多这样的点发射器使我们能够以增强的分辨率重建整个样本的图像。
实际上,我们通过使用产生 16 位 512*512 像素图像的 EM-CCD 相机记录长(50k 帧)样本“电影”来实现所有这些。因此,这些数据集变得相当大,特别是如果我们每天/每周进行大量实验。
接下来,我们在这些数据集上运行已建立的拟合例程,例如此处实现的那些。
目前,我们在我所说的“离线模式”中完成所有这些工作。我们记录这些数据集,通常每周数十或数百次。将它们存储在 USB 硬盘驱动器上并运行上述参考分析。
这会导致问题:
- 每年,我们都会在磁盘上投资数千欧元,因为我们需要存储所有博学的东西,并且可能希望保留它以备将来参考。但是,无法正确索引和管理这些数据。每个人都使用自己的方案来命名/文件夹/...
- 磁盘可能会丢失
- ...
最近阅读了很多关于“云计算”的内容,我想尝试为这个问题找到更好的解决方案。我认为应该可以:
- 在每台测量计算机上安装某种类似于 Dropbox 的客户端。
- 将所有原始图像堆栈上传到云存储设施
- 将云存储作为虚拟磁盘暴露给不错的软件,例如开放式显微镜环境,它已经提供了索引/注释您的数据类型的解决方案
- 利用云系统的计算能力来加快分析速度
在这方面,我联系了几家云提供商(MS Azure、谷歌、亚马逊),但根据我的经验,很难联系到知识渊博的人来首先“获得”我们的预期应用程序,然后再提供可行的潜在解决方案。
此外,虽然我掌握了现代云平台中涉及的大部分概念,但我缺乏时间和深入的知识来推出自己的解决方案。
尽管如此,我无法想象我们会是第一个遇到这个问题的人。
有人在这方面有想法吗?
免责声明:可能这个问题超出了这个特定 SA 站点的范围,但我似乎没有找到另一个更适合的问题(或者我错过了它)。