我有一个 50 碱基的人工创建的 RNA 序列，我想获得它的 3D 结构。
为此我应该使用什么软件？
人工 RNA 3D 折叠
计算科学
计算生物学
2021-12-04 04:33:03
1个回答
我建议使用 Shapiro 的 RNA2D3D 或 MC-FOLD：
RNA2D3D -> http://www-lmmb.ncifcrf.gov/~bshapiro/rna2d3d/rna2d3d.html。
MC-FOLD -> http://www.major.iric.ca/MC-Pipeline/。
这些程序需要 2D 结构来生成 3D 结构，但您可以轻松找到相应的程序。实际上，MC-Pipeline 网站上有一个，因此您可以在一个地方从 RNA 序列获取 3D 结构。RNA2D3D 比 MC-Fold 更具交互性，但据我所知，没有网络服务器，您必须使用 Linux 程序。MC-Fold 可以在线使用。它是 Parisien & Major 出色的 Nature 论文的基础（MC-Fold 和 MC-Sym 管道从序列数据推断 RNA 结构，2008 年）。