最流行的分子动力学代码是namd和gromacs，也许还有desmond。从源代码免费提供的意义上说，这些软件包是免费提供的并且是“开源的”。维基百科提供了一个分子建模软件列表，其中可能包含其他好的链接。

然而，这些代码也相当复杂，因此如果您想自己进行更改，例如测试新的求解模型，您可能会花费相当多的时间来尝试理解它们。如果易用性胜过速度（如果您正在查看折叠的时间尺度，可能不完全），您可能需要查看mmtk，它可以让您的程序在 Python 中自定义分子动力学模拟。

如果您对速度感兴趣，但不是对成熟的模拟包的所有花里胡哨，您可能还对分子动力学库感兴趣，例如OpenMM或mdcore（免责声明：mdcore 是我自己的软件项目）。但是，这些将需要您自己进行更多的编程。

除了Pedro的建议，您还可以查看Quantum Espresso，其中包括Car-Parrinello 计算。它是（或至少是）用 Fortran 90 编写的。

术语“能量最小化”通常是指势能的最小化。对于蛋白质折叠模拟，您确实需要最小化自由能。如果你对展开的蛋白质进行简单的能量最小化，你很快就会陷入局部最小值。因此，您可能确实需要分子动力学，并使用一些协议（例如模拟退火）来逐渐降低能量。有关软件建议，请参阅pedro 的答案。

还有一个有趣的程序叫做foldit，它看起来像一个带有漂亮 GUI 的益智游戏，但在后台它实际上研究蛋白质折叠。