如果我只需要从 PQR 文件建立静电势,是否有必要使用 Poisson - Boltzmann 方程?

计算科学 泊松 电磁学 计算生物学
2021-12-17 22:03:36

蛋白质的 PQR 文件描述了在x,yz以及其中每个原子的电荷。如果你有它们,你可以构建电荷密度ρ(x)蛋白质,然后用​​它来寻找潜力ϕ(x). 当您不能或不知道如何构建ρ(x).

那么如果我只需要从 PQR 文件建立静电势,是否有必要使用 Poisson - Boltzmann 方程?

1个回答

那么,如果我只需要从 PQR 文件建立静电势,是否有必要使用 Poisson - Boltzmann 方程?

不,您可以使用泊松。

因为你知道每个点电荷的位置,你就知道电荷分布ρ,它是 delta 函数的总和。

因此,您可以数值求解将电荷分布与电势的拉普拉斯算子联系起来的泊松方程:

ΔV=ρ

解决方案将取决于您的边界条件。此外,许多算法可用于找到此解决方案。

一个例子可以在 arXiv 上找到。这篇论文被称为“具有自由边界条件的泊松方程的有效解”。