C/C++/Python 中经典分子力学力场的简约库

计算科学 Python C 图书馆 分子力学
2021-12-07 13:50:33

我想要一些没有任何外部依赖的经典分子力学力场库或超级简单的程序,这样我就可以将它插入我的软件,而不必担心“依赖地狱”。我也想修改它,所以我更喜欢简单紧凑的源代码。它应该只做一件事 - 总之它应该遵循unix 哲学

例如,有rdkit,但它似乎过于雄心勃勃(很多我不需要的功能,很多源代码和需要关心的依赖项)。AvogadroOpenBable这样的许多分子编辑器也实现了一些分子力学......但是拥有干净简单的库比尝试从大型软件包中提取此功能要方便得多。

我对力场的精度没有太多要求,但我更喜欢对所有元素和外来键合拓扑尽可能通用的东西(例如 UFF),尽管有机化学是主要目标,而不是专门针对蛋白质之类的东西格罗莫斯、琥珀、魅力等。

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