我想在一些线性聚合物分子（聚乙烯）中添加氢。

我知道一些工作方法，比如使用 PyMOL 内部函数 h_add。这种方法有效，但氢是在距主链碳原子 1.07 到 1.1 埃不等的距离处添加的。我需要将氢与主链原子的距离以及 HCH 和 CCH 角度控制为我每次选择的恒定值（例如，H–C = 1.5 Å，∠HCH = 108.5°，∠CCH = 109.5°）。

有没有可以用来理解加氢过程的几何算法？我知道它可以很好地实现到 Fortran 代码，但是有没有更简单的方法可以做到这一点，例如 Python 中的脚本，或者更好的是 bash 脚本？

我使用的分子坐标文件是 PDB 格式的。