计算科学 - 从 pdb2pqr 生成的 PQR 文件与 GROMACS 不同 - 吾爱随笔录

我有一个 pdb 文件，我想做一个 pqr 文件。在 GROMACS 中，我editconf -mead用来生成 pqr 文件，topol.top 取自 pdb2gmx 并使用它来生成 pdb 文件，然后使用 pdb2pqr。哪个更好？

由 GROMACS 制成的前 10 行 PQR

ATOM  1 N    PRO A   1     0.63000  39.63000  17.25000 -0.2020  1.6250      
ATOM  2 H1   PRO A   1     1.37000  39.93000  17.89000  0.3120  0.5345      
ATOM  3 H2   PRO A   1     0.24000  40.48000  16.88000  0.3120  0.5345      
ATOM  4 CD   PRO A   1     1.21000  38.79000  16.18000 -0.0120  1.6998      
ATOM  5 HD1  PRO A   1     2.30000  38.76000  16.29000  0.1000  0.9800      
ATOM  6 HD2  PRO A   1     0.96000  39.21000  15.20000  0.1000  0.9800      
ATOM  7 CG   PRO A   1     0.63000  37.39000  16.30000 -0.1210  1.6998      
ATOM  8 HG1  PRO A   1     1.28000  36.80000  16.95000  0.1000  1.3248      
ATOM  9 HG2  PRO A   1     0.52000  36.90000  15.33000  0.1000  1.3248      
ATOM  10 CB  PRO A   1    -0.72000  37.64000  16.99000 -0.1150  1.6998

由 pqd2pqr 生成的前 10 行 PQR：

ATOM      1  N   PRO     1       0.630  39.630  17.250 -0.2020 1.8240
ATOM      2  H   PRO     1       1.370  39.930  17.890  0.3120 0.6000
ATOM      3  H2  PRO     1       0.240  40.480  16.880  0.3120 0.6000
ATOM      4  CD  PRO     1       1.210  38.790  16.180 -0.0120 1.9080
ATOM      5  HD3 PRO     1       2.300  38.760  16.290  0.1000 1.1000
ATOM      6  HD2 PRO     1       0.960  39.210  15.200  0.1000 1.1000
ATOM      7  CG  PRO     1       0.630  37.390  16.300 -0.1210 1.9080
ATOM      8  HG3 PRO     1       1.280  36.800  16.950  0.1000 1.4870
ATOM      9  HG2 PRO     1       0.520  36.900  15.330  0.1000 1.4870
ATOM     10  CB  PRO     1      -0.720  37.640  16.990 -0.1150 1.9080

这些来自 3B7V，一种 HIV-1 蛋白酶。它已被最小化的能量。