我是一名生物学家,在图像处理方面经验很少,但对 MATLAB 有足够的了解,并且拥有图像处理工具箱。理想情况下,我正在寻找一个基于 MATLAB 的解决方案,但概述如何去做的方法也会有所帮助。
更新(2011 年 11 月 28 日 )在使用合成图像(这是我在最初的问题中提出的)时,似乎存在某些问题(例如信号重叠和颜色定义)。我从 2 个通道附加了单独的图像:绿色和红色(合成图像中的绿松石区域可以忽略),以及合成图像。红色通道不好有两个原因:1. 由于背景较高,对比度较差,2. 由于红色似乎在背景级别渗入绿色。
特征被定义为合成图像上具有绿-红-绿松石-红-绿的区域,或者等效地,绿色和红色上的 2 个相邻线性段是共线且具有传染性的。
我希望从两个单独的通道中查看图像可以更容易地识别特征。
我对算法有以下建议:
首先识别共线绿色段(并确定绿色段的长度)
确定红色通道中是否存在相互面对的相邻传染性和共线段(即绿色->红色-> <-红色<-绿色)。如果是,则定义从绿色线段结束的点(因为它们将与绿色线段重叠)到红色线段上最接近要素的另一个红色线段的点的红色线段长度。(即红色段的末端之一设置为重叠绿色段的末端)。
非常感谢!
背景:
我的问题与从图像中提取特征有关:
原始图像 (tif) 位于此处:
图片示例 1(保管箱)
此图像由 3 个通道(tif 格式)合成:红色、绿色和绿松石色。绿松石色的纤维简单地标记了我们在盖玻片上的所有 DNA。感兴趣的特征是图像中间的单条 DNA 链上的绿-红-绿松石-红-绿特征。
红色通常是最嘈杂的。这个例子很好,因为对比度很好。但是,有时图像不是很好,并且整个图像都有色调,因此硬编码绿色和红色的特定 RGB 值可能不适用于所有图像。另外,请注意,纤维不一定是水平的,它们可能会旋转(但绝不是垂直的)。
请参阅此图像以获取示例:
原始图像 (tif) 位于此处:
图片示例 2(保管箱)
此外,有时单个图像具有许多此类特征,有时同一 DNA 链上有多个特征。最后,有时可能只有部分特征(即孤立的绿色或孤立的红色或孤立的绿红片段,但未配对)。
题:
如果有人可以帮助我获得绿色和红色段的各个部分的长度,我将不胜感激,即因为感兴趣的特征是绿色-红色--绿松石--红色-绿色,每个特征都有一个 5 个值的数组(第一个绿色段的长度,第一个红色段的长度,绿松石段的长度,第二个红色段的长度和第二个绿色段的长度)。