您可以使用“差异”图层模式来创建图层蒙版，并将其应用于 B，如下所示：

1. 将两个图像作为图层打开，A 在底部，B 在顶部
2. 在图层的对话框中，将 B 的图层模式标记为“差异”。您现在应该看到图像大部分是黑色的，因为图像是相似的，彩色区域标记了不同的区域。但是，这些颜色与您想要的 B 的颜色不匹配
3. Edit->Copy visible，得到B上计算效果的副本
4. 复制 B 层，将其模式改回“正常”（我们称之为 C 层）
5. 在图层菜单上，为 C 添加一个图层蒙版（图层->蒙版->添加图层蒙版）。
6. 选择掩码后，粘贴在步骤 3 中复制的内容（编辑->粘贴）。
7. 将粘贴的内容锚定在图层蒙版上（图层->锚图层）

你在那里 - 使图层 A 和 B 不可见，你应该非常接近你想要的。对图层蒙版的进一步操作（我推荐使用颜色->曲线）可以调整图层 C 上区域的不透明度/透明度。

更新我最近在 Stackoverflow 上回答了一个与此类似的问题， OP 想要以编程方式执行任务（使用 Python + Python-imaging-library） - 我已经发布了关于该问题的完整程序，它可能对任何人都有帮助对这个答案感兴趣。

有一个简单的方法可以做到这一点：

将图像打开为两层，运行过滤器 - 动画 - 优化（差异），您应该得到相同的结果图像，现在由底层和顶部的差异层组成。

仅当您具有部分透明度时，事情才会变得复杂，因为过滤器会将其移除。
这是我为这种情况找到的解决方法：

• 删除两个图层上的 Alpha 通道（操作在上下文菜单中）

图像将收到白色背景，但不要担心，我们稍后会撤消它。

• 过滤器 - 动画 - 优化（差异）

现在我们在部分透明的地方有了白色背景的差异层，但我们需要这些像素是透明的，所以我们将采用差异的形状并从原始顶层复制这个形状的图像。确保选择了新生成的差异层并继续：

• 图层 - 图层到图像大小
• 编辑 - 复制 (Ctrl+C)
• 返回原始图像
• 撤消，撤消以使我们的图层恢复透明度
• 编辑 - 粘贴为 - 新图层
• 粘贴的差异层上的 Alpha 到选择（在上下文菜单中）
• 删除粘贴的差异层
• 确保选择顶层并从中复制 (Ctrl+C)
• 现在你有了差异，只需粘贴 (Ctrl+V) 并从中创建一个新层。

当然，没有魔法发生，部分透明的顶层不会改变颜色或降低底层的透明度，所以它只适用于扩展的情况，顶层的改变的像素覆盖了底层。

PS jsbueno 的方法对我不起作用。

GIMP 有一个名为“颜色擦除”的画笔模式。将这个用颜色 X 着色的画笔应用到确定的像素 P1 会创建一个具有较低 Alpha 通道的像素 P2，就像在正常模式下将 P2 与具有颜色 X 的像素混合产生像素 P1 的方式一样。同样的效果，应用到选定的区域或整个图像可以使用“颜色到阿尔法”动作来实现。

画笔模式也可以应用于“克隆工具”。在这种情况下，可以从背景图像 A 的像素中获取颜色并将其应用于结果图像 B 的相应像素。留下的图像是所需的图像 C。

图像 C 的详细创建如下：

1. 将图像 A 和 B 作为图层（A 低于 B）。
2. 复制图像 B 并将其命名为 C。将其放在 A 和 B 之间。隐藏图像 B。
3. 选择“克隆工具”。在“工具选项”窗格中设置以下选项： 模式：“擦除颜色”；画笔：使用锋利的圆形画笔（“硬度 100”） 尺寸：使画笔变大，以便一次轻松绘制所有图像。
4. 选择 A 层并在左上角的像素上按 CTRL + 以选择要克隆的位置并记住其位置（对于 100% 缩放，它将是 (1,1)，对于 50%，它将是 (2,2) 等）。
5. 现在选择图层 C 并从左上角开始绘画，并在不抬起画笔的情况下覆盖所有图像。图像似乎没有改变。但是，如果您隐藏 A 层，您会看到 C 层现在包含所需的图像。
6. 检查结果：显示图层 A 和图层 C。切换图层 B 的可见性以确保图像看起来相同。（您也可以为 B 层选择“差异”模式，在这种情况下，您应该得到绝对黑色的图像。）

注意：如果背景图像不透明，则此方法的工作原理与所述相同。在背景图像的透明部分，在 A 顶部混合 C 看起来与图像 B 不同。

我知道这是一个老问题，但以防万一其他人需要一个相对简单的答案。

假设您有以下内容：

• 图像 (A)
• 另一张图片 (B) 由第一张图片 (A) 和第三张图片 (C) 组成，您没有单独的文件
• 需要构建图像 C 的干净副本（可能打开和关闭覆盖）

在 Gimp v2.10.18 中执行以下操作：

• 文件>打开...组合图像B（这应该显示为单层）
• 文件>作为图层打开...图像A（没有图像C覆盖）
• 在“图层”面板中，选择包含第二张图像的图层
• 层 > 堆栈 > 层到顶部
• 在图层面板中，右键单击顶层 > 编辑图层属性...
• 将模式设置为“颜色擦除”，然后单击“确定”

由于在与图像 A 组合之前，我们没有关于图像 C 在每个像素中具有什么内容的明确记录，因此我们无法确定图像 A 和 C（如果有的话）中哪些像素具有相同的内容。因此，这项技术留给我们的是图像 C 的清晰版本，其中两幅图像的像素数据相等（如果有的话）。

使用这种技术，我能够在给定图像和相同图像的情况下创建原始的文本覆盖再现，并为图像中的特征添加覆盖标签。