您可以使用GIFsicle执行此操作，使用以下选项：

gifsicle -U --disposal=previous --transparent="#ffffff" -O2 anim.gif > anim_trans.gif

其中anim.gif和anim_trans.gif是源文件名和目标文件名，并且#ffffff是要使其透明的颜色的十六进制代码（此处为纯白色）。

（这里的重要选项是-U/--unoptimize和--disposal=previous，它们一起将动画转换为“翻书模式”，其中每一帧在绘制下一帧之前都被完全擦除。这允许将额外的透明度添加到帧中，而不会让较早的帧通过透明部分。该-O2选项并非绝对必要，但它可能会通过优化帧来缩小生成动画的文件大小，以避免不必要地重新绘制动画的静态部分。）

作为演示，这是来自 Wikimedia Commons的人类乙二醛酶 I (GLO1) 酶的动画（左），以及使用上面显示的方法添加的具有透明度的相同动画（右）：

^{维基共享资源用户WillowW的原创动画，在CC-By 3.0许可下使用。}

值得注意的一个细节是，如果 GIFsicle 命令似乎没有任何效果，您应该检查背景颜色是否真的正确。例如，对于上面显示的动画，实际的背景颜色变成了#fdfffc（即非常略带黄绿色的白色）而不是#ffffff（纯白色）。你实际上无法通过肉眼分辨出区别（或者，至少，我不能在这个屏幕上做到这一点），但足以让 GIFsicle 认为这两种颜色不同。

另请注意，GIF 文件仅支持 1 位透明度，这意味着透明区域的边缘不会被消除锯齿。只要您显示动画的背景与原始背景颜色不相距太远，就可以了，但如果是，您可能会发现动画边缘会出现一些难看的颜色边缘。不幸的是，除了选择更合适的背景或重新渲染动画外，您无能为力。

试试http://www.gifmagic.com

这很容易。

选择：1）编辑

2）透明度

3）添加和

4) 选择您要申请的区域。

与 GIFsicle 和 GIFmagic 类似，EzGIF是一组在线 GIF 工具（除其他外），您可以这样做：

1. 选择“效果”
2. 上传 GIF
3. 然后使用“用透明度替换颜色”框
4. 并申请

（如果需要，您还可以优化结果）

如果您有 imagemagick，您可以convert input.gif -transparent white output.gif在终端中运行该命令。