我会从字面上回答你的问题，主要讨论微处理器，而不是一般的计算机。

所有计算机都有某种机器代码。一条指令由一个操作码和一个或多个操作数组成。例如，英特尔 4004（第一个微处理器）的 ADD 指令被编码为 1000RRRR，其中 1000 是 ADD 的操作码，RRRR 表示寄存器编号。

最早的计算机程序是手工编写的，手工编码 1 和 0 以创建机器语言程序。然后将其编程到芯片中。第一个微处理器使用 ROM（只读存储器）；这后来被EPROM（可擦除可编程 ROM，用紫外线擦除）取代；现在程序通常被编程到EEPROM（“Electrically...-EPROM”，可以在芯片上擦除），或者特别是闪存。

大多数微处理器现在可以从 RAM 中运行程序（除了微控制器之外，这几乎是所有东西的标准），但首先必须有一种将程序加载到 RAM 中的方法。正如 Joby Taffey 在他的回答中指出的那样，这是通过 Altair 8080 的拨动开关完成的，它由 Intel 8080（紧随 4004 和 8008）驱动。在您的 PC 中，有一个称为BIOS的 ROM ，用于启动计算机并将操作系统加载到 RAM 中。

机器语言很快变得乏味，因此开发了汇编程序，它采用助记汇编语言并将其（通常每条指令一行汇编代码）翻译成机器代码。所以不是 10000001，而是写 ADD R1。

但是第一个汇编程序必须用机器代码编写。然后它可以用自己的汇编代码重写，并且第一次用机器语言版本来汇编它。之后，程序可以自行组装。这称为引导程序，也由编译器完成——它们通常首先用汇编程序（或另一种高级语言）编写，然后用他们自己的语言重写并用原始编译器编译，直到编译器可以自己编译。

由于第一个微处理器是在大型机和小型计算机出现很久之后开发的，而且 4004 无论如何都不适合运行汇编程序，英特尔可能编写了一个在其大型计算机上运行的交叉汇编程序，并将汇编代码翻译为将 4004 转换为可以编程到 ROM 中的二进制映像。再一次，这是一种用于将编译器移植到新平台的常用技术（称为交叉编译）。

最初，程序是写在纸上的，然后转换为计算机可用的任何输入法。从第一台计算机上的旋钮、开关和跳线，到打孔卡，再到键盘/板。

下图显示了当今真正的程序员使用的东西：

好吧，当 micros 刚出现时，我就在附近，我们在大型机和 minis 上编写交叉汇编器和编译器，然后我们将它们引导到 8 位硬件上，人们并没有真正费心在 micros 上构建编译器/汇编器，直到他们有足够的本地存储来让它有用

只读存储器的一种早期形式是网格，其中地址将选择一行（将其拉低），而列表示数据。每列都有一个上拉电阻，每个交叉点都会焊接一个二极管来表示“零”，或者没有二极管来表示“一”[如果需要，可以反转位电平，以减少所需的二极管数量]。通过焊接在适当的二极管中，可以“编程”任何所需的位模式。

这种设计以熔丝-PROM 的形式被带入集成电路世界。本质上，保险丝 PROM 是一个与上述类似的电路，构建在芯片上，除了所有二极管都被填充，并且每个二极管都有一个弱保险丝与其串联。出厂时，PROM 将在所有位置读取“0”。但是，可以通过选择适当的地址并驱动适当的数据线“硬”高来选择性地移除二极管[注意：我认为每个位可能都有自己的晶体管，而不是二极管，但原理是一样的]。

熔丝编程的 PROM 被半导体存储器取代，半导体存储器通过在内部电容器上注入电荷来存储位。这样的存储器不仅比熔丝 PROM 更紧凑，而且如果它们被封装在紫外线透明的封装中，它们可能会被擦除和重复使用。请注意，即使是所谓的“一次性可编程”存储器也几乎总是使用相同的设计，只是简单地装在不透紫外线的封装中。

1950 年MIT Whirlwind 计算机的二极管矩阵控制存储器

2005 MT15 CPU 的晶体管矩阵控制存储