以下解释不限于逻辑回归,而是同样适用于正常线性回归和其他 GLM。通常,R
排除一个级别的分类,系数表示每个类与该参考类(或有时称为基线类)的差异(这在 中称为虚拟编码或治疗对比R
,请参阅此处以获取不同对比选项的出色概述)。要查看 中的当前对比R
,请键入options("contrasts")
。通常,R
按字母顺序对分类变量的级别进行排序,并将第一个作为参考类。这并不总是最佳的,可以通过键入来更改(在这里,我们将在新变量中将引用类设置为“c”)new.variable <- relevel(old.variable, ref="c")
. 对于分类变量的每个级别的每个系数,进行Wald检验,以检验参考类与其他类的系数之间的成对差异是否不为零。这就是回归表中和如果只有一个分类类别是显着的,这并不意味着整个变量是没有意义的,应该从模型中删除。您可以通过执行似然比检验来检查变量的整体效果:拟合两个模型,一个有变量,一个没有变量并输入(参见下面的示例)。这是一个例子:zpanova(model1, model2, test="LRT")
R
mydata <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/binary.csv")
mydata$rank <- factor(mydata$rank)
my.mod <- glm(admit ~ gre + gpa + rank, data = mydata, family = "binomial")
summary(my.mod)
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -3.989979 1.139951 -3.500 0.000465 ***
gre 0.002264 0.001094 2.070 0.038465 *
gpa 0.804038 0.331819 2.423 0.015388 *
rank2 -0.675443 0.316490 -2.134 0.032829 *
rank3 -1.340204 0.345306 -3.881 0.000104 ***
rank4 -1.551464 0.417832 -3.713 0.000205 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
级别rank1
已被省略,每个系数表示的系数与相应级别rank
之间的差异。因此和的系数之间的差值为。的系数就是截距。所以真正的系数是。此处的 Wald 检验测试参考类(此处)的系数与相应水平之间的差异是否不为零。在这种情况下,我们有证据表明所有类别的系数都与 的系数不同。您还可以通过添加来拟合没有截距的模型rank1
rank
rank1
rank2
−0.675rank1
rank2
−3.99−0.675=−4.67rank1
rank1
- 1
到模型公式直接查看所有系数:
my.mod2 <- glm(admit ~ gre + gpa + rank - 1, data = mydata, family = "binomial")
summary(my.mod2) # no intercept model
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
gre 0.002264 0.001094 2.070 0.038465 *
gpa 0.804038 0.331819 2.423 0.015388 *
rank1 -3.989979 1.139951 -3.500 0.000465 ***
rank2 -4.665422 1.109370 -4.205 2.61e-05 ***
rank3 -5.330183 1.149538 -4.637 3.54e-06 ***
rank4 -5.541443 1.138072 -4.869 1.12e-06 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
请注意,截距现在消失了,系数rank1
恰好是第一个模型的截距。在这里,Wald 检验不是检查系数之间的成对差异,而是检查每个单独的系数为零的假设。同样,我们有证据表明每个系数rank
都不为零。最后,为了检查整个变量是否rank
提高了模型拟合度,我们拟合了一个带有 ( my.mod1
) 的模型和一个没有变量rank
( my.mod2
) 的模型,并进行了似然比检验。rank
这检验了 的所有系数都为零的假设:
my.mod1 <- glm(admit ~ gre + gpa + rank, data = mydata, family = "binomial") # with rank
my.mod2 <- glm(admit ~ gre + gpa, data = mydata, family = "binomial") # without rank
anova(my.mod1, my.mod2, test="LRT")
Analysis of Deviance Table
Model 1: admit ~ gre + gpa + rank
Model 2: admit ~ gre + gpa
Resid. Df Resid. Dev Df Deviance Pr(>Chi)
1 394 458.52
2 397 480.34 -3 -21.826 7.088e-05 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
似然比检验非常显着,我们会得出结论,变量rank
应该保留在模型中。
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