混合效应模型中解释方差的比例

机器算法验证 混合模式 方差
2022-01-24 07:13:30

我不知道以前是否有人问过这个问题,但我没有找到任何关于它的信息。我的问题是,是否有人可以提供一个很好的参考来学习如何获得混合效应模型中每个固定和随机因素所解释的方差比例。

2个回答

我可以提供一些参考:

徐河(2003)。测量线性混合效应模型中的解释变化。医学统计22,3527-3541DOI:10.1002/sim.1572

Edwards, LJ, Muller, KE, Wolfinger, RD, Qaqish, BF 和 Schabenberger, O. (2008)。一个R2线性混合模型中固定效应的统计量。医学统计27,6137-6157DOI:10.1002/sim.3429

Hössjer, O. (2008)。关于混合回归模型的决定系数。统计规划与推理杂志138,3022-3038DOI:10.1016/j.jspi.2007.11.010

Nakagawa, S. 和 Schielzeth, H. (2013)。一种通用且简单的获取方法R2来自广义线性混合效应模型。生态与进化方法, 4,133-142DOI:10.1111/j.2041-210x.2012.00261.x

快乐阅读!

根据2013 年的这篇博MuMIn文,中的包R可以提供 R2混合模型的值是Nakagawa 和 Schielzeth 2013 年开发的一种方法1(在之前的答案中提到过)。

#load packages
library(lme4)
library(MuMIn)

#Fit Model
m <- lmer(mpg ~ gear + disp + (1|cyl), data = mtcars)

#Determine R2:
r.squaredGLMM(m) 

       R2m       R2c 
 0.5476160 0.7150239  

函数的输出r.squaredGLMM提供:

  • R2m:与固定效应相关的边际 R 平方值

  • R2c与固定效应和随机效应相关的条件 R2 值。

注意:对链接博客文章的评论表明,由Jon Lefcheck开发的另一种 Nakagawa & Schielzeth 启发方法(使用包sem.model.fits中的函数piecewiseSEM)产生了相同的结果。[所以你有选择:p]。

  • 我没有测试后一个功能,但我确实测试了包中的r.squaredGLMM()功能,MuMIn因此可以证明它在今天(2018 年)仍然有效。

  • 至于这种方法的有效性,我继续阅读 Nakagawa & Schielzeth (2013)(以及后续文章 Johnson 20142) 由你决定。


1:Nakagawa, S. 和 Schielzeth, H. 2013。一种从广义线性混合效应模型中获得 R2 的通用且简单的方法。生态与进化方法4(2):133-142。

2:Johnson,PCD 2014 年将 Nakagawa 和 Schielzeth 的 R2GLMM 扩展到随机斜率模型。生态与进化方法5:44-946。