可视化样条基础

机器算法验证 数据可视化 样条
2022-01-22 09:38:05

教科书在解释该主题时通常有很好的均匀样条曲线基础示例图。类似于线性样条曲线的一排小三角形,三次样条曲线的一排小驼峰。

这是一个典型的例子:

http://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63033/HTML/default/viewer.htm#statug_introcom_a0000000525.htm

我想知道是否有一种简单的方法可以使用标准 R 函数(如 bs 或 ns)生成样条基图。我想有一些简单的矩阵算术与一个简单的 R 程序相结合,它将以一种优雅的方式吐出一个漂亮的样条基础图。我就是想不出来!

2个回答

试试这个,作为 B 样条的例子:

x <- seq(0, 1, by=0.001)
spl <- bs(x,df=6)
plot(spl[,1]~x, ylim=c(0,max(spl)), type='l', lwd=2, col=1, 
     xlab="Cubic B-spline basis", ylab="")
for (j in 2:ncol(spl)) lines(spl[,j]~x, lwd=2, col=j)

给出这个:

在此处输入图像描述

这是“基础”类的一个autoplot方法(bs 和 ns 都继承自):

library(ggplot2)
library(magrittr)
library(reshape2)
library(stringr)
autoplot.basis <- function(basis, n=1000) {
    all.knots <- sort(c(attr(basis,"Boundary.knots") ,attr(basis, "knots"))) %>%
        unname
    bounds <- range(all.knots)
    knot.values <- predict(basis, all.knots) %>%
        set_colnames(str_c("S", seq_len(ncol(.))))
    newx <- seq(bounds[1], bounds[2], length.out = n+1)
    interp.values <- predict(basis, newx) %>%
        set_colnames(str_c("S", seq_len(ncol(.))))
    knot.df <- data.frame(x=all.knots, knot.values) %>%
        melt(id.vars="x", variable.name="Spline", value.name="y")
    interp.df <- data.frame(x=newx, interp.values) %>%
        melt(id.vars="x", variable.name="Spline", value.name="y")
    ggplot(interp.df) +
        aes(x=x, y=y, color=Spline, group=Spline) +
        geom_line() +
        geom_point(data=knot.df) +
        scale_color_discrete(guide=FALSE)
}

这让您只需调用autoplotns 或 bs 对象。以 jbowman 为例:

library(splines)
x <- seq(0, 1, by=0.001)
spl <- bs(x,df=6)
autoplot(spl)

产生:

基础自动绘图

编辑:这将包含在 ggfortify 包的下一个版本中:https ://github.com/sinhrks/ggfortify/pull/129 。在那之后,我相信你所需要的只是:

library(splines)
library(ggfortify)
x <- seq(0, 1, by=0.001)
spl <- bs(x,df=6)
autoplot(spl)