我进行了一项实验来测试细胞对某种 DNA 损伤剂的敏感性。我们发现了270个对药物特别敏感的基因，分析的基因总数为3668个。270个敏感基因中有38个被归类为“DNA修复基因”。如果基因组中包含的“DNA修复基因”数量为112个，基因组中的基因总数为3668个，那么敏感基因是否富集在DNA修复基因中？应该使用哪种统计检验？如果您还可以告诉我一些在线计算 p 值的工具，我将不胜感激。
应该使用哪种统计测试来测试基因列表的富集？
机器算法验证
生物统计学
2022-03-10 01:15:37
1个回答
测试基因列表富集的标准做法是进行超几何测试，或者等效地，进行单边Fisher 精确检验。您有以下列联表：
R您可以按如下方式进行测试：
fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")
这给出了一个非常重要的结果：
Fisher's Exact Test for Count Data
data: matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2)
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1
95 percent confidence interval:
5.062107 Inf
sample estimates:
odds ratio
7.34918
请注意，当我们测试过度表示（而不是表示不足）时，alternative参数设置为"greater".
其它你可能感兴趣的问题