机器算法验证 - 裂裂区设计和 lme - 吾爱随笔录

我正在研究一个数据集，以评估干燥对沉积物微生物活动的影响。目的是确定干燥的影响是否因沉积物类型和/或沉积物内的深度而异。

实验设计如下：
第一因子Sediment对应三种沉积物（编码为Sed1、Sed2、Sed3）。
对于每种类型的沉积物，在三个地点（Sed1 的 3 个地点，Sed2 的 3 个地点，Sed3 的 3 个地点）进行采样。站点编码：Site1，Site2，...，Site9。
下一个因素是水文：在每个站点内，采样在干区和湿区（编码为干/湿）中进行。在之前的每个图中，在两个深度
进行采样( D1 , D2 ) 一式三份。

总共有 n = 108 个样本 = 3 个沉积物 * 3 个地点 * 2 个水文 * 2 个深度 * 3 个重复。

我在 R（lnme 包）中使用 lme 函数如下：

Sediment<-as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site<-as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5","Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology<-as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth<-as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable<-rnorm(108)

mydata<-data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)

mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)

我在以下网址找到了一个类似的拆分-拆分图设计及其分析的示例： http ://www3.imperial.ac.uk/portal/pls/portallive/docs/1/1171923.PDF

有人可以确认这是分析这些数据的正确方法吗？
您认为根据我的实验设计正确指定了随机结构吗？