我在寻找关于如何在 R 中的 2 因子（包括受试者内）重复测量方差分析之后运行事后测试（Tukey HSD）的解决方案时遇到问题。对于方差分析，我使用了 aov -函数：

summary(aov(dv ~ x1 * x2 + Error(subject/(x1*x2)), data=df1))

在阅读了其他问题的答案后，我了解到我首先必须使用其他一些功能（例如 lme）重新运行 ANOVA。这就是我想出的。

Lme.mod <- lme(dv ~ x1*x2, random=list(subject=pdBlocked(list(~1, pdIdent(~x1-1), pdIdent(~x2-1)))), data=df1)
anova(Lme.mod)

两个主效应都很显着，但没有交互效应。然后，我使用这些函数进行事后比较：

summary(glht(Lme.mod, linfct=mcp(x1="Tukey")))
summary(glht(Lme.mod, linfct=mcp(x2="Tukey")))

但是，出现了一些问题：

首先，R 帮助文件说“在定义双向 ANOVA 或 ANCOVA 模型中感兴趣的参数时，必须小心使用 mcp 函数 (...) multcomp 版本 1.0-0 及更高版本会生成主要效果的比较仅，忽略协变量和交互（旧版本自动对交互项进行平均）。给出警告。” 果然，我收到了以下警告信息：

Warning message:
In mcp2matrix(model, linfct = linfct) :
covariate interactions found -- default contrast might be inappropriate

另一个令人费解的事情是，虽然两个主效应都很显着，但其中一个因素 (x1) 的事后比较没有显着差异。我以前从未遇到过这种情况。脚本/分析是否正确/适当，还是我遗漏了什么？非常感激任何的帮助！